Ngày 12 tháng 3 năm 1809, Gustav IV Adolf để vợ và các con ở Cung điện Haga để đối phó với cuộc nổi loạn của Georg Adlersparre. Một ngày sau khi bị bắt tại Cung điện Vương thất ở Stockholm trong Cuộc đảo chính năm 1809, Gustav IV Adolf bị giam tại Lâu đài Gripsholm và bị phế truất vào ngày 10 tháng 5. Chú của Gustav Adolf, Vương tử Karl kế vị và trở thành Karl XIII của Thụy Điển vào ngày 6 tháng 6. Theo các điều khoản phế truất được đưa ra vào ngày 10 tháng 5 năm 1809, Friederike được phép giữ tước hiệu Vương hậu.[1]

Friederike và các con bị giám sát tại Cung điện Haga. Hai vợ chồng ban đầu bị tách biệt vì những người lãnh đạo cuộc đảo chính nghi ngờ Friederike lên kế hoạch đảo chính.[8] Trong thời gian bị quản thúc tại gia, hành vi đúng mực của Friederike được cho là đã khiến Friederike nhận được nhiều thiện cảm so với khi còn là Vương hậu. Tân hậu Charlotta có thiện cảm với Friederike và thường xuyên đến thăm cựu hậu, Charlotta thuộc phái Gustavianerna và mong muốn bảo toàn quyền kế vị cho con trai Gustav của Friederike. Friederike nói với Charlotta rằng bản thân sẵn sàng rời xa con trai vì mục đích kế vị và thỉnh cầu được đoàn tụ với người bạn đời của mình.[9] Yêu cầu thứ hai của Friederike đã được chấp nhận sau sự can thiệp của Vương hậu Charlotta, Friederike và các con đã cùng Gustav Adolf đến Lâu đài Gripsholm sau lễ đăng quang của tân vương vào ngày 6 tháng 6.[10] Mối quan hệ giữa cựu vương và vợ được nhìn nhận là tốt đẹp trong khoảng thời gian họ bị quản thúc tại gia tại Gripsholm.

Trong thời gian bị quản thúc tại Lâu đài Gripsholm, vấn đề về quyền kế vị của thái tử Gustav, con trai Friederike vẫn chưa được giải quyết và vẫn còn được tranh luận.

Có một kế hoạch từ phái Gustavianerna do Tướng Eberhard von Vegesack chỉ huy nhằm giải thoát Friederike và các con và tôn con trai Friederike thành Quốc vương Thụy Điển với nhiếp chính là Friederike dựa trên việc Gustav chưa đủ tuổi trưởng thành. Những kế hoạch này đã được trình bày với Friederike, nhưng Friederike đã từ chối: "Vương hậu thể hiện sự tôn quý trong cảm xúc của mình, điều này khiến đức bà xứng đáng được trao vương miện danh dự và đặt ngài lên trên ngai vàng trần thế tầm thường này. Lệnh bà không nghe theo những kế hoạch bí mật bởi một phe phái, những người mong muốn bảo toàn quyền kế vị của thái tử và mong muốn bà sẽ ở lại Thụy Điển để trở thành nhiếp chính con trai mình chưa đến tuổi trưởng thành... ngài giải thích một cách kiên quyết rằng nghĩa vụ của một người vợ và mẹ mách bảo bà hãy chia sẻ cuộc sống lưu vong với chồng con.”[lower-alpha 2][11] Tuy nhiên, việc loại bỏ con trai khỏi quyền kế vị vẫn bị Friederike coi là sai trái về mặt pháp lý.[1]

Cả gia đình rời Thụy Điển vào ngày 6 tháng 12 năm 1809, bằng ba cỗ xe riêng biệt. Gustav Adolf và Friederike đi chung một cỗ xe, được hộ tống bởi tướng Skjöldebrand; con trai Gustav đi xe thứ hai với đại tá Nam tước Posse; các con gái của và phó mẫu von Panhuys đi trên chiếc xe ngựa cuối cùng do đại tá von Otter hộ tống. Friederike được đề nghị hộ tống với tất cả đặc quyền của một thành viên thuộc Gia tộc Baden nếu Vương hậu di chuyển một mình, nhưng Friederike đã từ chối và không mang theo cận thần nào ngoại trừ thị nữ người Đức là Elisabeth Freidlein. Gia đình Friederike rời Đức bằng tàu từ Karlskrona vào ngày 6 tháng 12.